Weryfikacja rozliczeń podatnika w 2026 r.

Do tej pory urząd skarbowy weryfikował rozliczenia z opóźnieniem. Jeśli pojawiały się wątpliwości, wszczynano procedurę i wzywano firmę do dostarczenia dokumentów. Od 2026 roku to podejście ulega zmianie.

Krajowa Administracja Skarbowa dostaje bezpośredni dostęp do każdej wystawionej faktury – co do zasady – w czasie jej wygenerowania, poprzez obowiązkowy Krajowy System e-Faktur (KSeF). Faktury ustrukturyzowane, przesyłane w formacie XML, są walidowane przez system w czasie rzeczywistym i opatrywane numerem identyfikacyjnym, co tworzy pełne, centralne repozytorium dokumentów fakturowych wszystkich podatników objętych obowiązkiem ¹.

Analiza tych danych – w głównej mierze przez ich ilość – odbywa się automatycznie przez systemy teleinformatyczne organów. Ponadto KAS połączył lub planuje połączyć informacje z KSeF z innymi bazami, takimi jak system STIR, danymi z ZUS czy informacjami z CEIDG. Skarbówka uzyskała w ten sposób pełny obraz działalności firmy, co pozwoli precyzyjniej typować podmioty, u których wystąpienie nieprawidłowości jest najbardziej prawdopodobne ².

Czynności sprawdzające w KSeF
Czynności sprawdzające, uregulowane w Dziale V Ordynacji podatkowej (art. 272-280a) ³ stanowią szybszą i mniej sformalizowana ścieżkę weryfikacji rozliczeń niż kontrola podatkowa. Organy podatkowe są uprawnione do sprawdzenia terminowości składania deklaracji i wpłacania podatków, ustalenia stanu faktycznego w zakresie niezbędnym do stwierdzenia zgodności z przedstawionymi dokumentami oraz weryfikacji poniesionych wydatków i uzyskanych przychodów ⁴.

Przez lata czynności sprawdzające oznaczały wysłanie wezwania, na które podatnik odpowiadał przesyłając faktury w formacie PDF lub inne dokumenty za pośrednictwem platformy ePUAP, czy e-Urząd Skarbowy. Skoro jednak organ posiada już w systemie wszystkie faktury od momentu ich wystawienia, formalne wezwanie do ich przesyłania staje się bezprzedmiotowe.

Organ będzie zatem prowadził czynności sprawdzające niejako w tle – bez uprzedniego zawiadomienia podatnika – korzystając z danych KSeF jako podstawy analizy ⁵. Kontakt z podatnikiem nastąpi dopiero wówczas, gdy algorytmy wykryją rozbieżność tj. gdy organ będzie potrzebował wyjaśnienia przyczyn zakwalifikowania określonego wydatku do kosztów, skanu umowy lub merytorycznego uzasadnienia transakcji.

Weryfikacja kosztów i odliczeń VAT
Istotnym obszarem automatycznej analizy jest prawo do odliczenia podatku naliczonego oraz kwalifikacja kosztów uzyskania przychodu. W KSeF organ widzi dokładny opis faktury – nazwę usługi lub towaru, ilość, wartość i zastosowaną stawkę podatkową.

Algorytmy KAS będą w stanie wychwytywać zakupy, które nie odpowiadają profilowi działalności firmy wynikającemu z innych baz danych. Kryterium prawnym oceny jest związek przyczynowo skutkowy między poniesionym wydatkiem a osiągniętym przychodem tzw. kryterium celowości kosztu. Jeśli firma z branży IT kupi sprzęt budowlany, albo w kosztach malej agencji reklamowej pojawia się alkohol opisany jako usługa reprezentacyjna (wydatki reprezentacyjne są wyłączone z kosztów na mocy art. 16 ust. 1 pkt 28 ustawy o CIT), system powinien to zidentyfikować i wygenerować zapytanie.

Zautomatyzowane sprawdzanie stawek podatkowych
Dzięki ustrukturyzowanemu formatowi faktury organ będzie weryfikował również poprawność zastosowanej stawki VAT lub stawki ryczałtu od przychodów ewidencjonowanych. Algorytmy będą analizować słowa kluczowe z treści faktury i zestawiać je z klasyfikacjami statystycznymi oraz przepisami.

Przykładowo, jeśli programista opodatkowany ryczałtem wystawia faktury opisane jako usługa doradztwa biznesowego – rozbieżne między opisem świadczenia a zadeklarowana stawka zostanie wykryta automatycznie. Konsekwencja będzie elektroniczne wezwanie do złożenia wyjaśnienia i wykazania podstawy do zastosowania niższej stawki.

Relacja do tradycyjnej kontroli podatkowej
Wdrożenie KSeF nie eliminuje tradycyjnych form weryfikacji. Kontrola podatkowa w trybie art. 281 i nast. Ordynacji podatkowej pozostaje instrumentem głębokich postępowań wyjaśniających. Zmienia się jednak jej charakter: będzie poprzedzona pełną analizą danych cyfrowych, a wszczynana w odniesieniu do przypadków, w których automatyczna weryfikacja wykryła wyraźne rozbieżności lub w których podatnik nie ustosunkował się do wezwań w ramach czynności sprawdzających.

Innymi słowy, KSeF stanowi instrument preselekcji podmiotów o podwyższonym profilu ryzyka podatkowego, co pozwala KAS efektywniej alokować zasoby kontrolne. Z perspektywy podatnika oznacza to, że może on znaleźć się w obszarze zainteresowania organu znacznie wcześniej, niż otrzyma formalne zawiadomienie wszczęcia postępowania.

Ocena
Wdrożenie KSeF to bez wątpienia przełomowa zmiana w relacji między fiskusem a podatnikiem i to zmiana, której nie można oceniać jedynie przez pryzmat techniczny. Z perspektywy efektywności państwa należy ją ocenić pozytywnie tj. uszczelnienie systemu podatkowego, ograniczenie wyłudzeń VAT i precyzyjniejsze typowanie podmiotów do kontroli to realne korzyści dla budżetu publicznego.

Z drugiej strony system budzi poważne zastrzeżenia z punktu widzenia praw podatnika i ochrony danych. Ciągły, automatyczny wgląd fiskusa w każdą transakcję firmy – w czasie rzeczywistym, bez wszczynania formalnego postępowania – przekracza granicę, którą do tej pory wyznaczała zasada proporcjonalności kontroli. Podatnik nie jest informowany o tym, że jest analizowany, co de facto eliminuje jego prawo do obrony na etapie wstępnej weryfikacji.

Dodatkowo istnieje ryzyko błędnych kwalifikacji przez algorytmy – system może generować fałszywe alarmy w przypadkach, gdy opis faktury odbiega od standardu branżowego, lecz transakcja jest całkowicie legalna. Osobną kwestią pozostaje gotowość samych podatników i biur rachunkowych na tę zmianę.

Kilkakrotne odkładanie terminu wdrożenia KSeF – pierwotnie system miał być obowiązkowy od 2023 roku – pokazuje, że ani strona publiczna, ani prywatna nie była w pełni przygotowana. Obecna forma systemu jest więc efektem niejako kompromisu celu fiskalnego, który zderzył się z realną złożonością polskiego obrotu gospodarczego.

---

Autor: Piotr Nowak – ekspert Instytutu Podatków i Finansów Publicznych, prawnik specjalizujący się w prawie podatkowym, administracyjnym i cywilnym.

---

1. Art. 106b ust. 1 oraz art. 106ga i nast. ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (tekst jedn. Dz.U. z 2025 r. poz. 775 z pozn. zm.).
2. Ustawa z dnia 9 marca 2023 r. o Krajowej Administracji Skarbowej (tekst jedn. Dz.U. z 2025 r. poz. 1131), art. 35 ust. 1
3. Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (tekst jedn. Dz.U. z 2025 r. poz. 111 z poźn. zm.), art. 272 pkt 1-5.
4. Art. 272 pkt 3 ustawy – Ordynacja podatkowa
5. Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa, art. 274 oraz art. 274a